رهبر جمهوری اسلامی در واکنش به حادثه انفجار بندر رجایی، اعلام کرد که حوادثی از این دست در همه‌جا ممکن است رخ دهد و قابل جبران است.
علی خامنه‌ای در سخنرانی خود که رسانه‌های داخلی آن را «دیدار با دست‌اندرکاران حج» نامیدند، روز یک‌شنبه چهارم مه، گفت: «حوادث گوناگون برای دستگاه‌ها خب پیش می‌آید: زلزله، آتش‌سوزی، تخریب؛ عمدی، سهوی، همه جوری پیش می‌آید؛ جبران می‌شود.»
او در سخنرانی خود همچنین از خانواده‌های جان‌باختگان انفجار خواست تا «صبر پیشه کنند» تا «پاداشی هزاران برابر بزرگتر و ارزشمندتر از تلخی این مصیبت» به آن‌ها داده شود.
رهبر جمهوری اسلامی در حالی این صحبت‌ها را مطرح کرد که هلال احمر هرمزگان، امروز پایان عملیات جستجو و نجات در بندر رجایی را اعلام کرد.
طی روزهای گذشته خانواده‌های افراد مفقود شده با تجمع در مقابل ورودی این بندر، خواستار شفاف سازی و پاسخگویی، مسئولین شدند و اعلام کردند که تا زمانی که فرزندانشان پیدا نشوند، حاضر به ترک محل نخواهند بود.
علی خامنه‌ای در این سخنرانی اشاره‌ای به علت اصلی انفجار نکرد.
واشینگتن‌پست در گزارشی نوشت که انفجار بندر رجایی از آتش‌سوزی در یک کانتینر حاوی مواد شیمیایی آغاز شد و قدرت این انفجار را با اتکا به نظر کارشناسان، معادل ۵۰ تُن تی‌اِن‌تی، محاسبه کرد.
همچنین، رسانه‌های بین‌المللی در گزارش‌های خود بیشترین تمرکز را بر احتمال نگهداری مواد شیمیایی حساس و پرخطر در بندر رجایی قرار داده‌اند؛ موادی که گفته می‌شود در صنایع موشکی کاربرد دارند. یکی از دلایل اصلی گمانه‌زنی‌های نخست درباره انفجار سوخت موشکی، رنگارنگ بودن دود حاصل از انفجار بوده است.
رئیس کل دادگستری استان هرمزگان، روز گذشته تهدید کرد که اظهارنظرهای غیررسمی درباره انفجار بندر رجایی با برخورد قضایی روبه‌رو می‌شود.
پیش‌تر نیز دادستانی تهران، علیه چند رسانه و فعال رسانه‌ای، به دلیل آن‌چه «انتشار اخبار خلاف واقع» در انفجار بندر رجایی، خوانده شده بود، اعلام جرم کرد.
مقامات جمهوری اسلامی تاکنون تعداد کشته شدگان این انفجار را ۷۰ نفر و زخمی‌ها را بیش از ۱۲۰۰ نفر اعلام کرده‌اند؛ اما به نظر می‌رسد که تعداد کشته‌شدگان بیش از آمار اعلام شده باشد.
