رئیس قوه قضائیه جمهوری اسلامی گفت در جریان اعتراضات سال ۱۴۰۱ حدود ۹۰ هزار پرونده قضایی برای افراد از اقشار مختلف از جمله معلمان، دانشآموزان و دانشجویان تشکیل شد.
به گزارش مرکز رسانه قوه قضائیه، غلامحسین محسنی اژهای، روز سهشنبه، ۱۶ اردیبهشت، در دیدار با جمعی از مقامات وزارت آموزشوپرورش، گفت که در صورت صدور حکم محکومیت برای تمامی افراد بازداشتشده، ممکن بود زمینه برای «سوءاستفاده دشمنان» فراهم شود؛ از این رو، نهادهایی همچون حوزههای علمیه، بسیج، دانشگاهیان و معلمان به ندامتگاهها اعزام شدند، تا به گفته او، برای «ارشاد و تنبّه» بازداشتشدگان اقدام کنند.
او در ادامه افزود که بسیاری از این افراد در پی این اقدامات، یا مورد «عفو» قرار گرفتند یا پروندههایشان مختومه شد.

رئیس قوه قضائیه، در ادامه مدعی شد که در جریان اعتراضات، «مجرمینی که جنایت کرده بودند و اقدامات تشکیلاتی انجام داده بودند، قضیه جداگانهای داشتند و با آنها برخورد قانونی صورت گرفت و مشمول عفو و ارفاقات نشدند.»
منابع حقوق بشری پیش از این اعلام کرده بودند در جریان اعتراضات ۱۴۰۱، دستکم ۵۰۰ معترض به ضرب گلوله نیروهای نظامی و انتظامی جمهوری اسلامی کشته و هزاران نفر بازداشت شدند.
همچنین، بر اساس گزارش «کمیته ویژه» جمهوری اسلامی در اسفند ماه سال ۱۴۰۲ برای حدود ۳۴ هزار نفر در ارتباط با اعتراضات «زن، زندگی، آزادی» پرونده قضایی تشکیل شده بود.
نهادهای حقوق بشری بازداشت و تعقیب قضایی گسترده دانشآموزان و دانشجویان را به عنوان یکی از نشانههای بارز سرکوب ساختارمند اعتراضات، معرفی کردهاند.

سازمان حقوق بشر ایران در اولین سالگرد قتل حکومتی مهسا امینی طی گزارشی اعلام کرد که توانسته است کشتهشدن ۵۵۱ معترض، از جمله ۶۸ کودک و ۴۹ زن، را ثبت و تأیید کند. علاوه بر این، دستکم ۲۲ نفر از معترضان، از جمله ۴ کودک و ۸ زن، بر اثر خودکشی یا مرگهای مشکوک جان خود را از دست دادهاند.