حسین اکبری، معاون اداره کل حفاظت محیط‌زیست استان اصفهان، گفت: اکنون ۹۹ یا ۱۰۰ درصد تالاب خشک است و فقط بخشی از نیمه شمالی آن در لایه‌های زیرین مرطوب است.
حسین اکبری حیات گاوخونی را به طور صددرصد به جاری بودن زاینده‌رود وابسته دانست و گفت: «این تالاب به دلیل اینکه حقابه‌ای دریافت نکرده و بارندگی قابل‌توجهی نیز در منطقه رخ نداده است خشک شده است.»
وی با اشاره به اینکه لایروبی مسیر سد رودشتین تا نزدیک تالاب گاوخونی به طول ۷۱ کیلومتر طی سال‌های گذشته گفت: «این لایروبی باعث شده حداقل آب کشاورزی و پساب موجود به سمت تالاب جاری شود تا قسمت‌های شمال تالاب را رطوبت بخشی کند. این کار اقدام مؤثری بوده که مقداری از رطوبت تالاب را حفظ شود و تا حدی از تبدیل‌شدن این منطقه به کانون گردوغبار جلوگیری کند.»
خشک‌شدن تالاب گاوخونی اثرات زیست‌محیطی جبران‌ناپذیری در پی خواهد داشت و بسیاری از کارشناسان طی سال‌های گذشته هشدار داده‌اند که در صورت خشک‌شدن تالاب گاوخونی، این تالاب به کانون بزرگ ریزگردها تبدیل خواهد شد.
ایرج حشمتی مدیرکل وقت حفاظت محیط‌زیست استان اصفهان، در تیرماه ۱۴۰۰ گاوخونی را به یک غول خفته تشبیه کرده و گفته بود که این غول خفته ممکن است روزی بیدار شود و با ریزگردهای سمی، استان اصفهان و حتی برخی استان‌های مجاور را تهدید کند، اما آنچه از تبدیل تالاب گاوخونی به کانون ریزگرد جلوگیری کرده، زهاب‌های کشاورزی و پساب شهر ورزنه است.
این در حالی است بستر گاوخونی به عناصر فلزی آلوده است و گردوغبار بستر این تالاب برای سلامتی انسان‌ها و سایر جانداران زیان‌بخش است.
احمد جلالیان عضو انجمن خاک ایران و استاد دانشگاه در سال ۹۵ اعلام کرده بود که مطالعات انجام شده بر روی تالاب بین‌المللی گاوخونی، مؤید آن است که این تالاب به فلزهای سنگین نظیر کادمیوم، سرب و روی آلوده شده است.
