یکی از مقامات سابق وزارت خارجه دولت خاتمی می‌گوید که بعد از کشتار دیپلمات‌های جمهوری اسلامی ایران در مزارشریف، اعضای شورای امنیت ملی به دنبال حمله به شهر هرات و اشغال این شهر به دست نیروهای افغان مخالف طالبان به رهبری احمدشاه مسعود بودند؛ اما علی خامنه‌ای مخالف این حمله بود.
محسن امین‌زاده، معاون سابق وزارت خارجه در گفتگو با روزنامه هم‌میهن افزوده است که «تا ۱۸ مردادماه ۱۳۷۷ مسئولیت امور افغانستان در وزارت خارجه برعهده علاءالدین بروجردی بود. با کشتار دیپلمات‌هایمان در کنسولگری ایران در مزارشریف، ایشان از کار برکنار شد و در روزهای بعد مسئولیت امور افغانستان نیز به اینجانب که معاون منطقه آسیا و اقیانوسیه بودم، واگذار شد. به‌رغم این تغییر مسئولیت در وزارت خارجه، آقای بروجردی در جلسات دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی پیگیر حمله ایران به شهر هرات در افغانستان بود. ایشان به همراه آقایان علی لاریجانی، سردار رحیم صفوی و سردار حسن فیروزآبادی تیمی تشکیل داده بودند و به دنبال طراحی و اجرای عملیات مشترک نیروی قدس (بعداً شد سپاه قدس) و نیروهای افغان مخالف طالبان به رهبری مرحوم احمدشاه مسعود برای اشغال شهر هرات بودند.»
به گفته وی، «طالبان از هر نوع همکاری با ایران خودداری می‌کرد. نه وقوع جنایت و قتل‌عام را تایید می‌کرد، نه حاضر بود جنازه شهدا را تحویل بدهد. نه حتی حاضر بود ده‌ها گروگان ایرانی را که زندانی کرده بود، تحویل دهد. اظهارات رسانه‌های تحت کنترل طالبان نیز بسیار شرارت‌آمیز بود… جنایت مزار شریف نادرترین جنایت تاریخ دیپلماسی جهان است. قطعاً یا باید دولت طالبان جنایتکاران را مجازات می‌کرد و یا خود دولت طالبان مجازات می‌شد.»
پیش از این، خبرآنلاین در یادداشتی درباره دلایل عدم مقابله نظامی جمهوری اسلامی با طالبان به نقل از علاءالدین بروجردی نوشته بود: «دولت به این تصمیم رسیده بود که باید طالبان را به رسمیت بشناسد. بروجردی در گفتگو با مجله پنجره مطرح کرده بود که محسن امین‌زاده، معاون وقت وزیر امور خارجه، در مجلس ششم رسماً همین تحلیل را ارائه کرده بود.»
در سال ۱۳۷۷ بعد از کشتار دیپلمات‌ها در کنسولگری جمهوری اسلامی ایران در شهر مزار شریف، مراجع دیپلماتیک و نظامی جمهوری اسلامی، طالبان را تهدید به حمله نظامی کردند، اما جمهوری اسلامی به رژه نظامی در مرز با افغانستان اکتفا کرد.
همسر محمدصارمی، خبرنگار خبرگزاری جمهوری اسلامی سال‌ها بعد از کشته شدن همسرش با انتقاد از مواضع وزارت خارجه در مصاحبه با روزنامه شرق گفت که در آن زمان (به قدرت رسیدن طالبان در دهه هفتاد) تمام دولت‌ها از اتباع خود خواسته بودند که به کشورهایشان بازگردند؛ اما نماینده ویژه دولت در امور افغانستان به محمود صارمی که در دوره نقاهت بعد از جراحی در ایران بود، دستور داد که به افغانستان برگردد. بعدها بروجردی با همان هواپیمایی که صارمی به افغانستان رفته بود، به ایران بازگشت.
بروجردی در مصاحبه‌ای در این‌باره گفته بود: «معاونین وقت وزارت خارجه توافق نکردند که دیپلمات‌ها و خبرنگاران را از افغانستان بیرون ببریم و قرار شد مسئولیت را به نیروهای امنیتی پاکستان محول کنیم و به اصطلاح گوشت را به دست گربه دادیم.
